Die Kapuziner stehen als Seelsorger an ihrer Klosterkirche und auf Anfrage auch zur Aushilfe für Gottesdienste und Kasualien zur Verfügung. Sie bieten einen regelmäßigen Beichtdienst an und sind gerne bereit, Glaubens- und Lebensfragen in einem persönlichen Gespräch zu klären. Sie feiern Gottesdienste in Seniorenheimen und ein Mitbruder ist als ständiger Diakon in der Pfarrseelsorge eingesetzt.

Verschiedene Gruppierungen sind dem Kloster zugeordnet und werden von den Kapuzinern begleitet, die umgekehrt durch ideelle, finanzielle und ehrenamtliche Mitarbeit die Kapuziner und das Kloster unterstützen. So etwa der Freundeskreis des Klosters und die Kolpingsfamilie, deren Mitglieder Pforten- und Hausmeisterdienste im Kloster übernehmen und eine Gärtnergruppe, die den Klosterhof und den barocken Klostergarten pflegt und bewirtschaftet, der öffentlich zugänglich ist. Im Garten finden verschiedene Feste statt, wie das „Plätzerfest“ immer am 29. Juni (dem Patrozinium der Klosterkirche) und das Oktoberfest im September. Der Garten der Kapuziner nimmt zudem regelmäßig an den Tagen der Gärten und Parks in Westfalen-Lippe teil.

1627, also vor knapp 350 Jahren, fand auf Initiative der Kapuziner, die damals auch Wallfahrtsseelsorger in Werl waren, die erste Werne-Werl-Fußwallfahrt statt, die sich seitdem jährlich großer Beliebtheit erfreut. Das ganze Jahr über sind Pilgerinnen und Pilger zur Übernachtung in dem ehemaligen Pesthaus, der Pilgerherberge des Klosters, willkommen. „Pilgern vor der Haustür“ bietet der „Förderverein Jakobsweg Werne e.V.“ an, der ebenfalls eng mit den Kapuzinern zusammenarbeitet.