Reformatorischen Bestrebungen im 16. Jahrhundert trat das Kloster entschieden entgegen. Abt Reichmann (1613–1643) leitete eine Blütezeit ein: Er bereitete die Gründung eines Gymnasiums vor (1643). Abt Reinhartz (ab 1663) legte großen Wert auf die Musikalität der Konventualen: Jeder musste ein Instrument spielen. Seit 1644 wurden Theaterstücke eingeübt und aufgeführt. Eine rege Bautätigkeit begann in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts: 1666 wurde die neue Prälatur fertig, 1691 der Pförtnertrakt errichtet, 1693/94 die Bibliothek gebaut, 1714/17 der Westflügel für das Gymnasium (heute Stadtarchiv) ausgebaut.

Wedinghausen war das einzige Prämonstratenserstift Westfalens, das auch Bürger- und Bauernsöhne aufnahm. Der letzte Abt Franz Fischer (1781–1806) war ein Bauernsohn aus Calle. Wegen des hohen Ansehens des Stifts bemühten sich viele Adelsfamilien (z.B. von Fürstenberg, von Landsberg, von Dücker) um Gruften in der Kirche und trugen so zur prachtvollen Ausstattung bei.

Als französische Revolutionstruppen 1794 an den Rhein vorrückten, mussten Kurfürst Max Franz von Österreich (1756–1801) und das Kölner Domkapitel flüchten. Das Domkapitel wählte Wedinghausen zu seinem Sitz. Mit dem Domschatz, dem Schrein und den Reliquien der Heiligen Drei Könige wurden auch die Dombibliothek und das Domarchiv versteckt. Seit dem Tod des Kurfürsten im Juli 1801 regierte das Domkapitel und wählte am 7. Oktober 1801 Anton Viktor von Österreich zum neuen Kurfürsten. Doch der trat das Amt nicht mehr an.

Im September 1802 besetzten hessisch-darmstädtische Truppen Arnsberg und das Herzogtum, einen Monat später wurde das Domkapitel entmachtet. Landgraf Ludewig X. von Hessen-Darmstadt ließ Wedinghausen im November 1803 aufheben. Der Abt und die 24 Konventualen mussten das Kloster verlassen. Geld, Besitz und Renten gingen an den Staat, die Kostbarkeiten der Bibliothek wurden nach Darmstadt gebracht.

Große Teile der Klostergebäude haben sich erhalten. Die katholische Propsteigemeinde St. Laurentius (Pfarrkirche, Ostflügel, Prälatur) und die Stadt Arnsberg (Westflügel, Bibliothek) sind die heutigen Nutzerinnen. Seit 2020 bewohnt die katholische Gemeinschaft Shalom den Ostflügel des ehemaligen Klosters im Obergeschoss. Kreuzgang und Kapitelsaal sind 2021 nach 6 Jahren Renovierungsarbeiten feierlich eröffnet worden.